Le 30 août 1808 pendant la Guerre d’Espagne et du Portugal, huit ans jour pour jour après son mariage avecLaure Martin de Permon (la future Duchesse d’Abrantès), le général Jean-Andoche Junot signe, à Queluz-Sintra, en Estramadure, un accord avec les Anglais permettant aux Français vaincus d’évacuer leurs troupes du Portugal sans autre conflit.
Les Français sont défaits le 21 août 1808 à Vimeiro par les Anglais commandés par sir Arthur Wellesley (le futur duc de Wellington). Alors qu’ils sont en grand danger d’être coupés de leur ligne de retraite et de leurréserve, jusqu’ici inemployée, les anglais, plutôt que continuer leur attaque, ouvrent des négociations.
En effet, à la place de sir Arthur Wellesley, viennent d’être nommés à la tête des troupes anglaises sir Harry Burrard puis sir Hew Dalrymple, hommes âgés, précautionneux et très peu au fait des combats.
Dalrymple entame avec François Kellerman des négociations qui aboutissent à la signature de la Convention de Cintra, qui autorise les 20 900 soldats français stationnés au Portugal à être transportés jusqu’à Rochefort par la Royal Navy. Ils pourront partir avec leur équipement, armes et bagages, et leurs biens personnels. Junot arrivera à Rochefort le 11 octobre.
Dès qu’elle est connue, cette convention est considérée en Angleterre comme honteuse: les Français battus, évacués par les bateaux anglais ! Une commission siège à Chelsea du 14 novembre au 27 décembre 1808. pour entendre Wellesley, Dalrymple et Burrard. Dalrymple accuse Wellesley, qui pourtant voulait combattre, mais avait reçu l’ordre de signer un armistice préliminaire.
Tous trois sont relaxés. Wellesley retourne en service actif au Portugal, Burrard et Dalrymple prennent le chemin de la retraite.
Junot, lui, en 1809, participe à la campagne d’Autriche avec la Grande Armée. Il retourne en Espagne en 1810 sous les ordres de Masséna, et y est gravement blessé d’une balle dans la tête. En Russie, en 1812, son inaction à la Valoutina (où meurt Gudin), permet à l’armée russe de faire retraite. Il en sera blâmé par l’Empereur. Mais, avec le 8e corps, il se comporte bien à la Moskowa.
Son état de santé mentale décline. En 1813, relevé de toute fonction militaire, il est nommé gouverneur des provinces illyriennes. Là, se manifeste un dérangement mental de plus en plus évident. On rapporte que, à Raguse, lors d’un bal officiel, il se serait présenté seulement vêtu de ses décorations, et du grand cordon de la Légion d’honneur.
Junot perd son poste de gouverneur le 10 juin 1813, et est est rapatrié de force chez son père en Bourgogne. Un soir, dans un accès de délire, il se défenestre, se fracture la jambe, puis tente de s’amputer lui même à l’aide d’un couteau de cuisine. Des complications infectieuses surviennent, Junot meurt le 29 juillet 1813. Son épouse, Laure, duchesse d’Abrantès, lui survivra jusqu’en 1844.