Il 30 agosto 1808 durante la guerra spagnola e portoghese, otto anni dopo il suo matrimonio con Laure Martin de Permon (la futura duchessa di Abrantès), il generale Jean-Andoche Junot firmò un accordo con gli inglesi a Queluz-Sintra, in Estramadura, permettendo ai francesi sconfitti di evacuare le loro truppe dal Portogallo senza ulteriori conflitti.
I francesi furono sconfitti il 21 agosto 1808 a Vimeiro dagli inglesi sotto Sir Arthur Wellesley (il futuro duca di Wellington). Mentre erano in grande pericolo di essere tagliati fuori dalla loro linea di ritirata e dalle loro riserve finora inutilizzate, gli inglesi, invece di continuare il loro attacco, aprirono i negoziati.
Infatti, al posto di Sir Arthur Wellesley, Sir Harry Burrard e poi Sir Hew Dalrymple erano stati appena nominati a guidare le truppe inglesi, uomini che erano vecchi, prudenti e non molto familiari con il combattimento.
Dalrymple iniziò i negoziati con François Kellerman che portarono alla firma della Convenzione di Cintra, che autorizzò i 20.900 soldati francesi di stanza in Portogallo ad essere trasportati a Rochefort dalla Royal Navy. Potevano andarsene con il loro equipaggiamento, armi e bagagli, e i loro effetti personali. Junot arrivò a Rochefort l’11 ottobre.
Non appena è noto, questa convenzione viene considerata in Inghilterra vergognosa: i francesi battuti, evacuati dalle navi inglesi! Una commissione sedette a Chelsea dal 14 novembre al 27 dicembre 1808 per ascoltare Wellesley, Dalrymple e Burrard. Dalrymple accusa Wellesley, che voleva combattere, ma gli era stato ordinato di firmare un armistizio preliminare.
Tutti e tre sono stati dimessi. Wellesley tornò in servizio attivo in Portogallo, Burrard e Dalrymple si ritirarono.
Nel 1809, Junot prese parte alla campagna austriaca con la Grande Armata. Tornò in Spagna nel 1810 sotto gli ordini di Massena, dove fu gravemente ferito da una pallottola in testa. In Russia, nel 1812, la sua inazione alla Valoutina (dove Gudin morì), permise all’esercito russo di ritirarsi. L’imperatore lo incolpò di questo. Ma, con l’8º corpo, si comportò bene a Moskowa.
La sua salute mentale diminuì. Nel 1813, sollevato da tutti i doveri militari, fu nominato governatore delle province illiriche. Lì, il disturbo mentale divenne sempre più evidente. Si narra che, a Ragusa, durante un ballo ufficiale, apparve vestito solo nelle sue decorazioni e nel Gran Cordone della Legione d’Onore.
Junot perse la sua carica di governatore il 10 giugno 1813 e fu rimpatriato con la forza nella casa di suo padre in Borgogna. Una sera, in un attacco di delirio, si gettò dalla finestra, si ruppe una gamba, poi tentò di amputarla con un coltello da cucina. Sorsero complicazioni infettive e Junot morì il 29 luglio 1813. Sua moglie, Laure, duchessa di Abrantès, gli sopravvisse fino al 1844.