“L’intrigue était aussi nécessaire à Fouché que la nourriture”, aurait dit Napoléon à Sainte-Hélène… Ce qui ne l’empêcha pas de nommer Joseph Fouché comte de l’Empire en 1808 puis Duc d’Otrante le 15 août 1809.
Mais Fouché tombe dans une nouvelle disgrâce à la suite d’un complot ourdi par Talleyrand et lui-même en 1809 (ils songent à un éventuel remplacement de l’Empereur par le maréchal Murat en cas de mort accidentelle en campagne), puis de négociations clandestines avec l’Angleterre, par le biais du futur Duc de Wellington.
Le 2 juin 1810, Napoléon fait une scène au ministre de la Police Fouché en plein conseil: “Vous faites donc maintenant, Monsieur, la guerre et la paix ?”. Il fait arrêter le banquier Ouvrard par le Général Savary et saisir chez lui les preuves de sa connivence avec Fouché.
Le 3 juin 1810, Napoléon lui retire son portefeuille, l’exile à Rome où il le nomme gouverneur et le remplace au ministère de la police par le général Savary, fidèle d’entre les fidèles mais piètre policier: la nouvelle du remplacement du Duc d’Otrante est accueillie avec une grande appréhension par le peuple.
Le 10 juin 1813, après la Campagne de Russie, Fouché remplace le général Junot au poste difficile de gouverneur des Provinces Illyriennes, rattachées à la France depuis octobre 1809. Viennent ensuite la Campagne de France et la première abdication: mal considéré tant par les partisans de Napoléon qui lui reprochent ses trahisons, que par les royalistes qui le soupçonnent de connivence avec les républicains, Joseph Fouché n’est plus soutenu que par les révolutionnaires de 1789.