Dès mai 1802, des libelles, “l’Appel aux armées françaises par leurs camarades”, et “Adresse aux différents corps et militaires réformés”, sont adressées aux militaires d’active comme de réserve, à Paris mais aussi dans l’ouest. C’est le “complot des libelles”.
Ces pamphlets contre Bonaparte sont véhiculés dans des jarres de grès utilisées normalement pour conserver et transporter le beurre (d’où l’autre appellation des “complot des pots de beurre”). La police détermine qu’ils sont imprimés à Rennes par Chausseblanche, jacobin, là où commande Bernadotte.
Toutes les recherches, toutes les enquêtes, aboutissent à la même conclusion: l’auteur des pamphlets appartient à l’état-major du mari de Désirée Clary. Dubois, le préfet de police de Paris, pense que Bernadotte est l’instigateur du complot. Savary et Davout voient en lui l’instigateur occulte de l’opposition militaire.
Si Fouché, ami de Bernadotte, cherche à le protéger en accusant les chouans, le préfet d’Ille-et-Vilaine, Mounier, identifie le coupable: c’est le général Edouard-François Simon, chef de l’état-major de Bernadotte.
Simon se déclare seul coupable, mais Bonaparte pense qu’il ne fait que protéger son chef. Alors que Simon est incarcéré à la prison du Temple, et sera plus tard déporté à Cayenne, Bernadotte quitte son poste, opportunément souffrant, pour aller prendre les eaux à Plombières.
L’instruction de l’affaire est brusquement interrompue par la proclamation du Consulat à vie. Bonaparte juge alors préférable d’étouffer l’affaire. Bernadotte tombe en disgrâce, part toute affectation, en ne se réconciliera avec Napoléon que le 19 mai 1804, où il sera élevé, avec dix-sept autres généraux, à la dignité de maréchal d’Empire, la plus haute distinction militaire du pays.