Il 28 agosto 1803, Napoleone ristabilì il titolo di governatore di Les Invalides e nominò governatore ilgenerale Jean-François Berruyer.
Per Napoleone, Les Invalides doveva essere un ospizio per soldati disabili e anziani, ufficiali senza soldi e un ospedale per la cura dei feriti e dei malati. Sotto la supervisione religiosa, era anche una fabbrica dove venivano create uniformi e vestiti. C’era anche un rinomato laboratorio di calligrafia e illuminazione.
È a Les Invalides, simbolo dell’unione tra la Nazione e il suo esercito e il pantheon delle glorie militari, che,il 15 luglio 1804, furono assegnate da Napoleone le prime medaglie della Legione d’Onore agli ufficiali meritevoli e i legionari fecero il loro giuramento.
Le ceneri di Vauban, il 26 maggio 1808, furono trasferite lì, unendosi a quelle di Turenne, sopravvissute nella basilica di Saint-Denis, dal 22 settembre 1800.
Il 15 agosto 1804, un Te Deum fu celebrato lì per il compleanno di Napoleone.
Il cannone de Les Invalides canta, con le sue salve, le vittorie militari, i successi e i grandi momenti del regime. Fu il cannone che annunciò ai parigini la nascita del re di Roma.
Presso Les Invalides vengono depositati anche i trofei presi dal nemico durante le campagne militari. Il numero di bandiere esposte è considerevole. Il 17 maggio 1806, furono depositate presso Les Invalides 280 bandiere prussiane della campagna del 1806 e la spada e le decorazioni del grande Federico, prese da Potsdam. Nel 1814, più di 1.500 furono bruciati nella notte del 30 marzo per evitare che cadessero nuovamente in mani nemiche.
È naturalmente presso Les Invalides, sotto la cupola, che l’Imperatore riposa per sempre.
Nel 1840, i resti di Napoleone furono prima rimpatriati nella cappella Saint-Jérôme. La tomba definitiva, progettata dall’architetto Louis Visconti, non fu completata fino al 1861.
Un grande sarcofago di quarzite, importata dalla Finlandia, regolato su una base di granito verde dei Vosgi,riceve le ceneri dell’imperatore il 2 aprile 1861, durante una cerimonia intima assistita dall’imperatore Napoleone III, l’imperatrice Eugenia, il Principe Imperiale ed i Principi della Famiglia, il Governo e i Gran Ufficiali della Corona.
Dal 15 dicembre 1940, L’Aiglon si unisce al Padre per l’eternità.