Il 24 luglio 1798 Bonaparte, vittorioso alle Piramidi, entrò al Cairo. Immediatamente creò l’Istituto francese al Cairo e riconciliò le autorità religiose atteggiandosi a protettore dell’Islam. Crea anche un Diwan composto da notabili, ulama e alti funzionari.
Bonaparte, lo stesso giorno, comunica la sua vittoria al Direttorio. Sui mamelucchi scrive: “Stimo la perdita dei mamelucchi in 2000 cavalieri d’élite. La cavalleria mamelucca ha mostrato grande coraggio; hanno difeso la loro fortuna, e non ce n’è uno su cui i nostri soldati non abbiano trovato tre, quattro o cinquecento luigi d’oro. Tutto il lusso di queste persone era nei loro cavalli e nel loro armamento”.
Bonaparte organizza l’amministrazione dell’Egitto. Per questo si affida ai copti, cristiani disprezzati e talvolta perseguitati dai mamelucchi, e che affermano di essere discendenti dei grandi faraoni. Sebbene la Rivoluzione abbia rinunciato al cattolicesimo, si sentono più vicini a quella Francia che era cristiana fino a non molto tempo fa.
I copti sono in tutti i servizi: dogana, riscossione delle tasse, valuta, giustizia e mobilia nazionale. Bonaparte decide di nominare un copto a capo dei funzionari copti, Jârkis al-Jawarî, che riceve il titolo di intendente generale d’Egitto, e deve occuparsi della distribuzione delle risorse all’interno del Paese. Jârkis al-Jawarî è il primo egiziano a raggiungere una posizione di responsabilità nazionale nell’amministrazione francese.
Al Cairo anche Bonaparte deve adottare misure di sicurezza. La città, un vero e proprio labirinto fatto di vicoli e vicoli ciechi, senza alcun piano urbanistico, conta più di trecentomila abitanti. Le strade tortuose sono spesso spietate e la gente del posto vive in estrema povertà.
Disarma la popolazione, proibisce loro di fabbricare polvere da sparo. In caso di rivolta, le truppe hanno assegnato postazioni in città per sedare ogni movimento violento. Il Cairo è diviso in cinquanta quartieri chiusi da particolari recinti. Questa divisione e questi recinti incoraggiano possibili rivolte, poiché i quartieri possono diventare rapidamente vere e proprie fortezze della città. Bonaparte fece quindi abbattere le porte che sbarravano le strade interne alla città e costruì all’esterno forti i cui cannoni erano puntati verso la città, non verso l’esterno.