Le 24 juillet 1798, Bonaparte, victorieux aux Pyramides, entre au Caire. Immédiatement, il crée l’Institut français du Caire, et se concilie les autorités religieuses en se posant en protecteur de l’Islam. Il crée aussi un Diwan composé de notables, d’ulama et de hauts fonctionnaires.
Bonaparte, le même jour, réfère de sa victoire au Directoire. Sur les mamelouks, il écrit: “J’évalue la perte des mamelouks à 2000 hommes de cavalerie d’élite. La cavalerie des mamelouks a montré une grande bravoure; ils défendaient leur fortune, et il n’y a pas un d’eux sur lequel nos soldats n’aient trouvé trois, quatre ou cinq cents louis d’or. Tout le luxe de ces gens-là était dans leurs chevaux et leur armement”.
Bonaparte organise l’administration de l’Egypte. Pour cela, il s’appuie sur les Coptes, chrétiens méprisés et parfois persécutés par les Mamelouks, et qui se disent descendants des grands pharaons. Bien que la Révolution ait renoncé au catholicisme, ils se sentent plus près de cette France qui était chrétienne il n’y a pas si longtemps.
Les Coptes sont dans tous les services: douane, perception des impôts, monnaie, justice et mobilier national. Bonaparte décide de nommer un Copte à la tête des fonctionnaires coptes, Jârkis al-Jawarî, qui reçoit le titre d’intendant général de l’Égypte, et a à s’occuper de la répartition des ressources à l’intérieur du pays. Jârkis al-Jawarî est le premier Égyptien qui accède à un poste de responsabilité nationale dans l’administration française.
Au Caire, Bonaparte doit aussi prendre des mesures de sécurité. La ville, véritable labyrinthe composé de ruelles et d’impasses, sans aucun plan d’urbanisme, contient plus de trois cent mille habitants. Les rues sinueuses sont souvent des coupe-gorges et les habitants vivent dans une extrême pauvreté.
Il désarme la population, lui interdit de fabriquer de la poudre. En cas de révolte, les troupes ont des positions assignées dans la ville pour réprimer tout mouvement violent. Le Caire est divisé en cinquante quartiers fermés par des enceintes particulières. Cette division et ces enceintes favorisent d’éventuelles révoltes, les quartiers pouvant rapidement devenir de véritables forteresses dans la ville. Bonaparte fait donc abattre les portes qui barricadent les rues de l’intérieur de la ville, et édifie à l’extérieur des forts dont les canons sont pointés sur la ville, et non sur l’extérieur.