À Abensberg, le 20 avril, Napoléon bat l’archiduc Charles. Dans la nuit du 21, celui ci attaque les Français autour d’Eckmühl. Le 22, les divisions de cavalerie de Nansouty et de Saint-Sulpice, appuyées d’unités de cavalerie wurtembergeoises et bavaroises, affrontent la cavalerie autrichienne, soutenue par des batteries d’artilleries. Après un intense combat, les Autrichiens, qui ont eu des pertes assez élevées, se replient en désordre, et, à Ratisbonne, qui fut la première capitale de la Bavière, tentent de passer sur la rive nord du Danube.
Napoléon, devant la fatigue intense de ses troupes, prend la décision de les faire bivouaquer, et s’établit au château d’Alteglofsheim, dans les mêmes pièces quittées le matin même par l’archiduc Charles. Il rédige ses ordres: toutes les troupes présentes autour de lui devront le lendemain se diriger sur Ratisbonne, Masséna doit s’emparer du pont sur le Danube, et Bessières continuera de poursuivre les troupes du général Hiller.
Les 50 000 Autrichiens, retranchés dans Ratisbonne, ne disposent plus de réserves de munitions et de nourriture. De plus, leur cavalerie est maintenant réduire à 4 000 cavaliers, dix fois moins que la française. Au vu de l’état de l’armée autrichienne, la ville ne résistera pas longtemps à un siège. L’archiduc Charles décide donc de se retirer derrière le Danube, par le pont de pierre, vers la route de la Bohème. La nuit claire facilite ses mouvements.
Le 23 avril dès 5 heures du matin, les Français font mouvement vers Ratisbonne. Il y a là la réserve de cavalerie des généraux Nansouty et Saint-Sulpice, et les divisions Morand et Gudin. Ils se heurtent aux cavaliers autrichiens, qui sont rapidement enfoncés et, devant la supériorité numérique des Français, doivent battre en retraite derrière le Danube, par un pont de bateaux. Ce pont est vite repéré, Lannes, sur place, fait feu avec de nombreux canons, et le prend.
Vers midi, arrivent devant Ratisbonne les divisions Morand et Gudin, ainsi que le maréchal Lefebvre. A 13 heures, les rejoignent la division Friant, du corps de Davout, et peu après, les divisions de cavalerie Saint-Hilaire et Montbrun. Ensemble, tous, Lannes à droite, Davout à gauche Montbrun à l’extrême gauche, partent à l’assaut de la ville, désertée par la grande majorité des Autrichiens mais tenue par le général Hocheim, retranché avec 8000 soldats et 16 canons, et protégée par un large fossé, une contrescarpe, et des murailles. Des quatre portes de Ratisbonne, toutes munies de solides tours, celles au sud sont fermées et barricadées, alors que celles de l’ouest et du nord sont gardées ouvertes.
À 18 heures, l’artillerie française ouvre une brèche dans les remparts. Reste à franchir le large fossé. Pour cela, Lannes fait venir des échelles et demande des volontaires. Leur première vague est balayée par les tirs des assiégés, la deuxième aussi. Plus beaucoup de volontaires ! Lannes, en grand uniforme, saisit alors une échelle et crie “Regardez, votre maréchal est encore un grenadier !” Mais ses aides de camp, La Bédoyère et Marbot s’interposent et marchent eux-mêmes à l’assaut. Ils sont les premiers à passer par la brèche enfin conquise. Poussés par leur exemple, cinquante grenadiers, puis un régiment au complet les suivent. Les Autrichiens abandonnent le rempart, et la porte de Straubing est enfoncée des deux côtés.
La division Morand s’élance dans la ville, menée par Lannes. Les Français y progressent, malgré la résistance de soldats tirant du haut des maisons. Les Autrichiens, tout en combattant, se replient de rue en rue. Le feu dévore déjà certains quartiers. Reste à prendre le pont de pierre sur le Danube, par lequel la majorité des Autrichiens a déjà fait retraite. Les combats se poursuivent jusqu’à 19 heures, et la division Friant réussit à franchir le pont en pierre, défendu par de nombreux canons. Elle s’empare des faubourgs de Stadtamhof sur la rive nord du fleuve. La division Gudin passe à son tour le pont dans la soirée. A 19 heures, Ratisbonne est totalement aux mains des Alliés.
Constant dans ses mémoires, raconte la blessure de Napoléon à Ratisbonne: “Le coup avait été frappé si fort que l’Empereur était assis; il venait de recevoir la balle qui l’avait frappé au talon. […] Un aide de camp vint me chercher, et lorsque j’arrivai, je trouvai M. Yvan occupé à couper la botte de Sa Majesté, dont je l’aidai à panser la blessure. Quoique la douleur fût encore très vive, l’Empereur ne voulut même pas donner le temps qu’on lui remit sa botte, et pour donner le change à l’ennemi, et rassurer l’armée sur son état, il monta à cheval, partit au galop avec tout son état-major…”
Mais il semble que celui qui a effectué les premiers soins serait plutôt Charles Regnault, également chirurgien, avant qu’Yvan n’intervienne. Pour cela, il recevra quatre bourses impériales destinées à ses quatre fils, et le maréchal Soult lui offrira une montre à sonnerie.
Selon certains auteurs, ce serait un biscaïen qui aurait touché l’Empereur au talon droit. La contusion aurait touché un nerf et le pied aurait gonflé davantage dans sa botte, qu’il n’avait pas ôtée depuis trois jours. Dans le “Mémorial”, Las Cases rapporte que l’Empereur lui a dit qu’“une balle lui avait frappé le talon.” Cette blessure s’est résumée à une simple contusion sous-malléolaire externe droite, bien qu’Antommarchi, dans son rapport d’autopsie la situe à gauche.
Le soir, Napoléon reçoit une délégation des autorités de la ville. Le comte von Albini lui dit son regret au sujet de la blessure qu’il a reçu sous les murs de la ville, l’Empereur lui répond : “C’était de ma faute, j’étais trop curieux…”