Appareillage de la flotte française pour l’Egypte: treize vaisseaux de ligne, quarante-deux frégates, bricks et avisos, centre trente transports emportant le corps expéditionnaire de 37000 hommes.
Bonaparte arrive à Toulon le 9 mai 1798. Il loge à l’hôtel de la Marine. Dix jours après, au moment de s’embarquer, s’adressant particulièrement à ses soldats de l’armée d’Italie, il leur dit:
“Soldats ! vous êtes une des ailes de l’armée d’Angleterre. Vous avez fait la guerre des montagnes, des plaines et des sièges; il vous reste à faire la guerre maritime. Les légions romaines, que vous avez quelquefois imitées, mais pas encore égalées, combattaient Carthage tour à tour sur cette même mer et aux plaines de Zama. La victoire ne les abandonna jamais, parce que constamment elles furent braves, patientes à supporter les fatigues, disciplinées et unies entre elles… Soldats, matelots, vous avez été jusqu’à ce jour négligés; aujourd’hui, la plus grande sollicitude de la République est pour vous… Le génie de la liberté, qui a rendu, dès sa naissance, la République arbitre de l’Europe, veut qu’elle le soit des mers et des nations les plus lointaines.”
Le jour de son arrivée, il leur avait annoncé: “Je promets à chaque soldat qu’au retour de cette expédition, il aura à sa disposition de quoi acheter six arpents de terre”.
L’expédition va partir de quatre ports méditerranéens:
* à Toulon est le gros de la flotte avec Bonaparte qui sera sur le vaisseau-amiral l’Orient, avec l’amiral Brueys,
* de Marseille, Reynier avec sa division embarquée va rallier la flotte et le départ s’effectue le l9 mai 1798,
* de Gênes, Baraguey d’Hilliers embarque sur soixante-treize bateaux et rejoint en mer le 21 mai,
* de Civita-Vecchia, avec Desaix et cinquante-six vaisseaux. Il prend la mer seulement le 26 mai à 5 heures du soir.
Le convoi de Desaix devait rejoindre du côté de la Sardaigne mais le rendez-vous fut incomplet. Les bateaux partis de Civita-Vecchia vont finalement arriver devant Malte le 7 juin, deux jours avant la flotte principale qui apparaît le 9 juin 1798 et débarque à Malte le lendemain.