En 1813, Napoléon a dit de lui: “je compte sur son zèle et ses talents militaires pour agir avec décision et vigueur”. Et après la violation par les Alliés de l’acte de capitulation de Dresde: “Ce n’est pas pour m’ôter 20 à 25 000 soldats … que les alliés violent à notre égard le droit des gens; c’est pour retenir Saint-Cyr prisonnier, il est le premier de nous pour la guerre défensive. Moi je lui suis supérieur pour l’attaque.”
Au siège de Mayence, il commandait l’attaque du centre et s’y fit remarquer. Il fit, sous Masséna, la campagne de 1798, et fut destitué par le Directoire pour avoir signalé des déprédations de la part des représentants du peuple. Remis bientôt en activité, il commandait la droite à la bataille de Novi. Pendant la retraite qui suivit cette funeste journée, il contint l’ennemi par d’habiles manœuvres, et le battit à Pasturana.
Attaqué le 6 novembre 1799 devant Coni par des forces supérieures, il repoussa vigoureusement les assaillants. Chargé de l’aile droite de Championnet, il retarda l’investissement de Gênes, et opéra une admirable retraite sur le Var. Le premier Consul lui adressa à cette occasion un sabre d’honneur.
En 1800 il commanda provisoirement l’armée de Moreau, s’empara de Fribourg, et contribua au gain de la bataille de Hohenlinden. L’année suivante il commanda en chef l’armée de Portugal, fut ambassadeur en Espagne après le traité de Badajoz, et chargé de diriger les opérations militaires de l’armée du général Leclerc.
L’Empereur le nomma en 1804, colonel général des cuirassiers, et, en 1805, commandant d’un corps chargé de couvrir le royaume de Naples et de protéger les côtes de l’Adriatique. Appelé avec ses troupes pour le siège de Venise, il surprit à Castel Franco 7 900 Autrichiens et leur fit mettre bas les armes. En 1806 il occupa, sous les ordres de Masséna, les trois provinces des Pouilles.
Gouvion-Saint-Cyr fit la campagne de Prusse et de Pologne en 1807, et fut gouverneur de Varsovie. Il revint en Espagne après la paix de Tilsit, prit la ville de Rosas, Barcelone, et dirigea avec habileté les opérations de l’armée de Catalogne. Plus tard il battit le général Castre et força la place de Valls à se rendre.
En 1812, il commandait à la grande armée le 6e corps composé de Bavarois. Le maréchal Oudinot ayant été blessé à Polotzk le 17 août, Gouvion-Saint-Cyr dirigea en même temps les opérations des 6e et 10e corps; le 27 du même mois, Napoléon, qui l’avait précédemment nommé comte de l’Empire, lui conféra la dignité de maréchal. Sa brillante conduite pendant la retraite de Moscou justifia pleinement ce choix. Mais, blessé grièvement à la deuxième bataille de Polotzk, le 18 octobre, il dut se retirer sur les derrières de l’armée, et fut remplacé dans son commandement.
Après la rupture de l’armistice de 1813, l’empereur confia au maréchal le commandement du 14e corps à la tête duquel il se signala pendant la campagne de Saxe. Renfermé dans Dresde, il signa, le 11 novembre, une capitulation qui fut honteusement violée: 16 000 Français furent faits prisonniers malgré les protestations de leur chef.
Gouvion-Saint-Cyr s’attacha au parti de la Restauration, accompagna Monsieur jusqu’à Lyon, en 1815, voulut organiser à Orléans des corps royalistes et suivit le roi à Gand. En retour, Louis XVIII lui confia le portefeuille de la guerre qu’il conserva du 9 juillet 1815 au 24 septembre 1815. Il refusa d’apposer sa signature au traité du 20 novembre 1815, et donna sa démission après avoir créé le corps royal et l’école d’application d’état-major.
Cependant le roi le nomma membre de son conseil privé, gouverneur de la 8e division avec le titre de marquis. Il fut ministre de la marine en 1817, et de la guerre du 12 septembre 1817 au 19 novembre 1819. C’est sous son ministère que fut rendue la loi sur le recrutement.
Le maréchal Gouvion-Saint-Cyr est mort à Hyères (Var), le 17 mars 1830.