Le 17 mai 1809, par un décret pris à Schönbrunn, Napoléon réunit par décret les États du Pape à l’Empire français. Rome devient ville impériale et libre. Ces États pontificaux vont former les départements du Tibre et de Trasimène.
Le département du Tibre
Avec la perte de ses territoires, tout ce qui restait au Souverain pontife était l’autorité spirituelle et ses palais. La protestation pontificale prit alors la forme extrême de l’excommunication et de l’anathème par la bulle Quum memoranda, prise dans la nuit du 10 au 11 juin 1809.
Dans la nuit du 5 au 6 juillet 1809, le général Radet, à la tête de quelques hommes, entra dans le Vatican pour arrêter le cardinal Pacca, et dans le même mouvement, le Saint Père (même si l’ordre de Napoléon n’était pas clair à ce sujet). Le Saint Père fut maintenu en captivité d’abord à Savone jusqu’en 1812, puis à Fontainebleau jusqu’en 1814.
En 1815, grâce aux puissances réunies au congrès de Vienne, Pie VII rétablit les États pontificaux. Avignon et le Comtat Venaissin, annexés par la France en 1791 et cédés officiellement par le traité de Tolentino de 1797 restent cependant français. L’abolition des États pontificaux ayant été proclamée par le roi d’Italie Victor-Emmanuel en 1870 mais non acceptée par le pape. Le 20 septembre 1900, le pape Léon XIII dissout officiellement les États pontificaux. On considère que leur continuité se retrouve aujourd’hui dans l’État de la Cité du Vatican, créé en 1929 par les accords du Latran.