Il 17 maggio 1809, con un decreto emanato a Schönbrunn, Napoleone riunì per decreto gli Stati del Papa all’Impero francese. Roma diventa città imperiale e libera. Questi Stati pontifici vanno a formare i dipartimenti del Tevere e del Trasimeno.
Il dipartimento del Tevere assunse il nome di dipartimento di Roma il 17 febbraio 1810.
Con la perdita dei suoi territori, tutto ciò che restava al Pontefice era l’autorità spirituale e i suoi palazzi. La protesta pontificia prese allora la forma estrema della scomunica e dell’anatema con la bolla Quum memoranda, presa nella notte tra il 10 e l’11 giugno 1809.
Nella notte tra il 5 e il 6 luglio 1809, il generale Radet, alla testa di alcuni uomini, entrò in Vaticano per arrestare il cardinale Pacca, e nello stesso movimento il Santo Padre (anche se l’ordine di Napoleone non era chiaro al riguardo). Il Santo Padre fu tenuto in cattività prima a Savona fino al 1812, poi a Fontainebleau fino al 1814.
Nel 1815, grazie alle potenze riunite al Congresso di Vienna, Pio VII ristabilì lo Stato Pontificio. Avignone e il Contado Venassino, annessi dalla Francia nel 1791 e ceduti ufficialmente dal trattato di Tolentino del 1797, rimasero comunque francesi. L’abolizione dello Stato Pontificio fu proclamata dal re d’Italia Vittorio Emanuele nel 1870, ma non accettata dal papa. Il 20 settembre 1900 papa Leone XIII sciolse ufficialmente lo Stato Pontificio. Si ritiene che la loro continuità si ritrovi oggi nello Stato della Città del Vaticano, creato nel 1929 dagli accordi del Laterano.