Alors que Bonaparte a envoyé des parlementaires proposer une paix à Djezzar Pacha, le pacha de Saint-Jean-d’Acre, celui-ci pour toute réponse massacre des centaines de chrétiens de sa ville, sans qu’il n’y ait de protestation ou d’opposition de la part des officiers anglais. Bonaparte n’a plus comme choix que de lancer attaque sur attaque sur Saint-Jean-d’Acre.
Une brèche dans les murailles permet au frère d’un des deux parlementaires envoyés, et décapité par Djezzar Pacha, Mailly de Chateaurenaud, de parvenir jusqu’au donjon. Il y arrache le drapeau ottoman, mais, isolé, sans renfort, est tué par les Turcs. Djezzar Pacha en représailles fait, à la vue de l’armée française, étrangler ses prisonniers.
Abdallah, pacha de Damas, s’approche d’Acre avait la volonté de prendre l’armée française à revers. Bonaparte lui oppose Murat, avec 1000 cavaliers. A Yacoub, au nord du lac de Tibériade, Murat écrase l’avant garde de cette armée, et en prenant le camp du fils du pacha, s’empare de son artillerie et d’un butin considérable.
Bonaparte envoie le 6 avril 1799 vers le sud-est, vers Nazareth, trois cent cinquante hommes d’infanterie et cent cinquante cavaliers, commandés par Junot. Trois jours après, ils sont durement accrochés par 2000 turcs, et résistent en formant le carré. Le 10, Kléber, envoyé par Bonaparte, arrive à leur secours, avec deux mille hommes, détrusant au passage les 7000 hommes d’une nouvelle avant-garde d’Abdallah, et en jonction avec Junot, s’installe près du mont Thabor. Ils sont maintenant 2500 français à s’être regroupés.
Le plan de Kléber est de se faufiler de nuit entre les 30 000 hommes d’Abdallah et le Jourdain, pour tomber par surprise à l’aube sur le camp du Pacha. Il envoie un message à Bonaparte pout lui expliquer sa stratégie et se met en marche. Mais la progression de nuit est difficile, les guides se perdent, et Kléber arrive ce 16 avril 1799 sur l’armée ennemie alors qu’il fait déjà jour. Il n’y a plus l’effet escompté de surprise. Les 2 500 français sont encerclés par les 30 000 hommes d’Abdallah, leur position est plus que périlleuse.
Bonaparte a reçu le 15 le message de Kléber. Il a flairé le danger de cette stratégie. Aussi vite, laissant devant Acre seulement les deux divisions des généraux Jean-Louis-Ébénézer Reynier et Jean Lannes, avec avec la division Bon, une batterie d’artillerie et quelques cavaliers, il s’élance pour parcourir les 50 kilomètres qui le séparent du mont Thabor et de Kléber, et, dans le même temps, envoie Murat et sa cavalerie sur les arrières de l’ennemi.
La marche dure toute la nuit. Au matin du 16 avril, Bonaparte est en vue des combats. Il aperçoit en arrière du champ de bataille le camp des Turcs, et, plus près, la division Kléber qui, à douze contre un, malgré la soif et le manque de munitions, résiste de plus en plus difficilement aux attaques ottomanes qui se succèdent depuis six bonnes heures. La situation est telle que Kléber envisage même une percée qui ne pourra être que couteuse en hommes.
Bonaparte se rend compte de cette situation quasi désespérée. Au lieu de se camoufler et d’arriver sans être vu, il prend le contrepied en tirant une salve d’artillerie qui surprend les Turcs, qui se voient pris entre deux feux. D’autant plus que les troupes de Kléber et Junot, soudain revigorées par l’arrivée sur le champ de bataille de leur “petit caporal” reprennent courage et énergie.
Bonaparte envoie alors sa cavalerie et deux pièces d’artillerie attaquer le camp ennemi, tandis que les deux colonnes d’infanterie des généraux Rampon et Vial, se séparent pour prendre à revers l’ennemi.
Les turcs tentent de se replier en traversant le Jourdain, mais un brutal orage a fait monter ses eaux, et nombre d’entre eux s’y noient. Les Français leur prennent artillerie, drapeau et une grande quantité d’approvisionnement, et poursuivent les fuyards qu’ils exterminent. Plus au nord, c’est Murat qui sabre les derniers rescapés. Il n’y a plus d’armée du pacha de Damas !
La perte des Syriens s’élève à plus de six mille hommes. Celle des Français n’excède pas deux cents hommes.