Le 27 décembre 1805, au lendemain de la signature du traité de Presbourg entre la France et l’Autriche, Napoléon, à Schönbrunn, déclare: “La dynastie de Naples a cessé de régner. Son existence est incompatible avec le repos de l’Europe et l’honneur de ma couronne.”
Dès le 9 décembre, une armée de 40 000 hommes, avec Gouvion-Saint-Cyr, puis Masséna, est en marche pour s’emparer de la dernière possession des Bourbons en Italie, et chasser les troupes autrichiennes et russes qui y sont cantonnées.
Napoléon écrit à Joseph, le 19 janvier 1806: “Je veux sur ce trône asseoir un prince de ma Maison, vous d’abord, si cela vous convient; un autre si cela ne vous convient point.” Et “Je vous ai nommé mon lieutenant commandant en chef de l’armée de Naples. Partez quarante-huit heures après la réception de cette lettre […]. Vous prendrez l’uniforme de général de division.”
Le 6 janvier 1806, Joseph Bonaparte, frais promu général de division et lieutenant de l’Empereur, marche en tête de ses troupes. Les Français prennent Capoue le 6 février, et le 15, Joseph Bonaparte entre solennellement à Naples. Les troupes austro-russes se replient vers la Calabre. Ferdinand IV et son épouse la reine Marie-Caroline se réfugient en Sicile et font de Palerme la nouvelle capitale de ce qu’il leur reste de leur royaume.
Le 31 mars 1806, Joseph Bonaparte, bien entouré par Saliceti, Roederer, Miot, Mathieu Dumas, et Girardin, troquera son uniforme de général de division pour la couronne de Naples.