En Italie, sous les ordres de Bonaparte, Brune se distingua à Rivoli, à Saint-Michel, à Feltre, à Bellune, etc., et fut nommé général de division sur le champ de bataille. Ambassadeur près de la cour de Naples, commandant en chef des troupes envoyées en Suisse, sa conduite lui valut les plus grands éloges et le commandement de l’armée d’Italie, en remplacement de Berthier et de Masséna, puis le commandement en chef de l’armée batave.
La conduite de Brune dans cette campagne fut admirable et lui valut le gouvernement de la Hollande et une armure complète, présent de Bonaparte. De là il alla pacifier la Vendée, puis commander l’armée de réserve, dite des Grisons, et passa en Italie, où il continua à se distinguer.
Rentré au conseil d’État, il fut nommé président de la section de la guerre, ambassadeur à Constantinople, où il fonda les premières relations avec la Perse.
A son retour en 1805, il.fut nommé maréchal de France [après seulement cinq années de carrière militaire !] et grand-croix de la Légion d’honneur, commandant l’armée des côtes de l’Océan, gouverneur des villes Anséatiques en 1807, puis disgracié [lui qui ne fut jamais anobli osa parler au nom de l’armée de France et non en celui de l’armée de Son Altesse Royale et Impériale].
Louis XVIII lui donna la croix de Saint-Louis en 1814. Pendant les Cent-Jours, il eut le commandement de l’armée du Var. Sur la fin de juillet 1815, après avoir fait arborer le drapeau blanc à Toulon et s’être démis du commandement, Brune se rendait à Paris.
Parvenu à Avignon, le 2 août, il fut assassiné à l’hôtel du Palais-Royal, près de la porte du Rhône, par les royalistes.
Ces forcenés outragèrent son cadavre, le traînèrent par les rues et le jetèrent dans le Rhône. Rejeté par le fleuve, il resta deux jours sans sépulture sur la grève. Ainsi périt un guerrier illustre, l’honneur de nos armées.
Napoléon a dit de lui à Sainte-Hélène: “Il s’est perdu dans mon esprit à cause de sa conduite avec le roi de Suède dans les affaires de Stralsund. Un maréchal de France valait un roi de Suède! Je rends justice au maréchal Brune, il a bien fait en Hollande; la bataille d’Alkemaar a sauvé la République d’un grand péril “.