La flotte de Bonaparte en route pour l’Égypte, arrive en vue de La Valette, capitale de l’île de Malte. Desaix était parti, avec deux frégates et 70 bateaux de transport, le 6 juin de Civitavecchia, les escadres de Gênes, de Bastia le 15 mai et de Toulon le 9 juin.
Bonaparte avait obtenu du Directoire l’autorisation de s’emparer de Malte pour empêcher une installation russe ou anglaise, si cela ne risquait pas de “compromette le succès des autres opérations dont il était chargé”. Il y avait annoncé: “L’île de Malte est pour nous, d’un intérêt majeur […]. Cette petite île n’a pas de prix pour nous […]. Si nous ne prenons point ce moyen, Malte tombera au pouvoir du roi de Naples”.
Le 9 juin 1798, Desaix demande l’autorisation de faire aiguade (approvisionnement en eau), pour huit bâtiments, au grand-maître de l’Ordre de Malte Ferdinand von Hompesch zu Bolheim. En vertu d’un traité de 1768 entre l’Ordre et, entre autres, la France, Naples, Espagne, Malte accueille tous les bâtiments pour faire aiguade mais seulement quatre bateaux à la fois. Refus du grand-maître de l’Ordre de Malte.
Bonaparte a un prétexte pour de prendre l’île de force. Aux quinze mille Français, le grand-maître ne peut opposer que les trois cent soixante-deux chevaliers, dont deux cent soixante Français, aidés de deux mille miliciens maltais, peu enclins au combat.
Après quelques escarmouches, et devant l’absence de l’escadre anglaise tant espérée, le grand-maître signe un traité de reddition le 12 juin 1798, à bord de L’Orient, le navire-amiral de l’expédition française. La république française prend possession de l’archipel maltais, Bonaparte du trésor de l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem, évalué à 3 millions de francs en or et en argent et de 1500 canons, 3500 fusils, 1500 caisses de poudre, 2 vaisseaux, 2 frégates et 4 galères.
Bonaparte s’installe pour quelques jours à La Valette. Dès le 13 juin, en bon organisateur, il édicte toutes sortes de dispositions révolutionnaires, il dote Malte d’une Constitution, d’un code de la famille, abolit les privilèges féodaux mais aussi l’esclavage, fait de tous les habitants des citoyens français, met en place met en place huit municipalités sur l’île de Malte et deux pour l’ile de Gozo, et deux commissions pour administrer Malte après son départ.
Le 17 juin, Bonaparte informe le Directoire: “Nous avons, dans le centre de la Méditerranée, la place la plus forte de l’Europe, et il en coûtera cher à ceux qui nous délogeront”. Le lendemain, laissant une garnison de 4 000 hommes sur l’île, sous le commandement du général de Vaubois, il reprend sa route vers l’Égypte…