La flotta di Bonaparte in rotta verso l’Egitto, arriva in vista di La Valletta, capitale dell’isola di Malta. Desaix era partito, con due fregate e 70 navi da trasporto, il 6 giugno da Civitavecchia, le squadriglie di Genova, Bastia il 15 maggio e Tolone il 9 giugno.
Bonaparte aveva ottenuto dal Direttorio l’autorizzazione a impadronirsi di Malta per impedire un’installazione russa o inglese, se ciò non rischiava di “compromettere il buon esito delle altre operazioni di cui era responsabile”. Lì annunciava: “L’isola di Malta è per noi di grande interesse […]. Questa piccola isola non ha prezzo per noi […]. Se non prendiamo questo mezzo, Malta cadrà in potere del Re di Napoli”.
Il 9 giugno 1798 Desaix chiese al Gran Maestro dell’Ordine di Malta Ferdinand von Hompesch zu Bolheim l’autorizzazione per l’approvvigionamento idrico di otto edifici. In base a un trattato del 1768 tra l’Ordine e, tra gli altri, la Francia, Napoli, la Spagna, Malta accoglie tutte le navi da acqua, ma solo quattro alla volta. Rifiuto del Gran Maestro dell’Ordine di Malta.
Bonaparte ha un pretesto per prendere l’isola con la forza. Ai quindicimila francesi, il Gran Maestro può opporre solo i trecentosessantadue cavalieri, di cui duecentosessanta francesi, aiutati da duemila miliziani maltesi, riluttanti a combattere.
Dopo alcune scaramucce, e di fronte all’assenza della tanto attesa squadriglia inglese, il 12 giugno 1798 il Gran Maestro firmò un trattato di resa a bordo della Orient, nave ammiraglia della spedizione francese. La Repubblica francese prende possesso dell’arcipelago maltese, Bonaparte del tesoro dell’ordine di San Giovanni di Gerusalemme, valutato 3 milioni di franchi in oro e argento e 1.500 cannoni, 3.500 fucili, 1.500 casse di polvere da sparo, 2 vascelli, 2 fregate e 4 galee.
Bonaparte si stabilisce per alcuni giorni a La Valletta. Dal 13 giugno, da buon organizzatore, promulgò ogni tipo di disposizione rivoluzionaria, diede a Malta una Costituzione, un codice di famiglia, abolì i privilegi feudali ma anche la schiavitù, rese tutti gli abitanti cittadini francesi, costituì otto comuni dell’isola di Malta e due per l’isola di Gozo, e due commissioni per amministrare Malta dopo la sua partenza.
Il 17 giugno Bonaparte informava il Direttorio: “Abbiamo, al centro del Mediterraneo, il posto più forte d’Europa, e costerà caro a chi ci scaccerà”. Il giorno successivo, lasciata sull’isola una guarnigione di 4.000 uomini, al comando del generale de Vaubois, riprese il suo viaggio verso l’Egitto…