Per ordine del ministro della Guerra, e su richiesta del Comitato di artiglieria, il tenente Bonaparte fu reintegrato nell’esercito, con il grado di capitano, con effetto retroattivo dal 6 febbraio 1792. Luigi XVI firmò il suo incarico, e questo fu probabilmente uno dei suoi ultimi atti pubblici. Bonaparte si unì quindi alla 4a artiglieria. Nel suo reggimento sono rimasti solo 14 ufficiali su 80.
È con questo grado che Bonaparte si presenta a Tolone al generale Carteaux che dirige l’assedio della città. Con l’appoggio di Augustin Robespierre e Salicetti, ottenne il comando dell’artiglieria il 19 ottobre 1793, con il grado di comandante di battaglione.
Il 23 novembre riuscì, con i suoi uomini, a catturare il generale inglese Charles O’Hara. Il 16 dicembre, verso mezzanotte, è stato lanciato l’assalto a Little Gibraltar. Durante il combattimento corpo a corpo, Bonaparte fu ferito da un colpo alla coscia di un sergente britannico.
Il 19 dicembre Tolone è nelle mani delle truppe della convenzione. Bonaparte era già in viaggio per il suo nuovo incarico a Nizza, come comandante dell’artiglieria dell’Esercito d’Italia quando fu nominato generale di brigata il 22 dicembre 1793.