Par ordre du ministre de la Guerre, et à la demande du Comité de l’artillerie, le lieutenant Bonaparte est réintégré dans l’armée, avec le grade de capitaine, avec effet rétroactif au 6 février 1792. Louis XVI signe son brevet, et c’est probablement l’un de ses derniers actes publics. Bonaparte intègre alors le 4e d’artillerie. Dans son régiment, il ne reste que 14 officiers sur 80.
C’est avec ce grade que Bonaparte se présente à Toulon au général Carteaux qui dirige le siège de la ville. Avec l’appui d’Augustin Robespierre et de Salicetti, il obtient le 19 octobre 1793 le commandement de l’artillerie, avec le grade de chef de bataillon.
Le 23 novembre, il parvient, avec ses hommes, à capturer le général anglais Charles O’Hara. Le 16 décembre, vers minuit, l’assaut est donné sur le Petit Gibraltar. Pendant le corps à corps, Bonaparte est blessé d’un coup d’esponton à la cuisse par un sergent britannique.
Le 19 décembre, Toulon est aux mains des troupes de la convention. Bonaparte est déjà en route pour sa nouvelle affectation à Nice, comme commandant de l’artillerie de l’armée d’Italie quand il est nommé général de brigade, le 22 décembre 1793.