Il 27 dicembre 1805, all’indomani della firma del trattato di Presburgo tra Francia e Austria, Napoleone, a Schönbrunn, dichiarò: “La dinastia di Napoli cessò di regnare. La sua esistenza è incompatibile con il riposo dell’Europa e l’onore della mia corona.”
Il 9 dicembre, un esercito di 40.000 uomini, con Gouvion-Saint-Cyr, poi Massena, era in marcia per impadronirsi dell’ultimo possesso dei Borboni in Italia, e cacciare le truppe austriache e russe che vi erano confinate.
Napoleone scrisse a Giuseppe, il 19 gennaio 1806: “Voglio posizionare su questo trono un principe della mia Casa, prima voi, se vi conviene; un altro se non vi conviene.” E “Ti ho nominato mio tenente comandante in capo dell’esercito di Napoli. Parti quarantotto ore dopo aver ricevuto questa lettera […]. Lei prenderà l’uniforme da generale di divisione.”
Il 6 gennaio 1806 Giuseppe Bonaparte, appena promosso generale di divisione e luogotenente dell’imperatore, marciò in testa alle sue truppe. I francesi presero Capua il 6 febbraio e il 15 Giuseppe Bonaparte entrò solennemente a Napoli. Le truppe austro-russe si ritirarono verso la Calabria. Ferdinando IV e sua moglie Maria Carolina si rifugiarono in Sicilia e fecero di Palermo la nuova capitale di ciò che restava loro del loro regno.
Il 31 marzo 1806, Giuseppe Bonaparte, ben circondato da Saliceti, Roederer, Miot, Mathieu Dumas e Girardin, scambiò la sua uniforme di generale di divisione per la corona di Napoli.